内部控制制度在实施过程中存在以下固有局限性：

1. 人为因素：内部控制的有效性依赖于员工的诚信、职业道德和素质。然而，人为因素可能导致控制措施的疏漏、错误或故意规避，从而降低内部控制的效果。

2. 误判风险：内部控制制度可能无法准确识别和评估风险，导致对潜在风险的误判。这可能导致控制措施不够有效或不适应变化的风险环境。

3. 限制成本效益：内部控制制度需要投入大量的资源，包括人力、时间和金钱。然而，过于严格或复杂的控制措施可能导致成本增加，超出其带来的效益。

4. 技术限制：内部控制制度可能受到技术限制的影响。例如，信息系统可能存在漏洞或不完善的安全性措施，使得内部控制的实施受到威胁。

5. 职责分离限制：内部控制制度通常强调职责的分离，以防止内部人员滥用职权。然而，在某些情况下，职责分离可能受到限制，例如小型企业资源有限，难以实现完全的职责分离。

6. 领导层压力：内部控制制度可能受到领导层压力的干扰。领导层可能要求员工绕过控制措施，以实现某些利益或目标，从而削弱内部控制的效力。

7. 外部因素：内部控制制度可能受到外部因素的影响。例如，经济环境的变化、法律法规的改变或竞争压力等外部因素可能使得内部控制制度不再适应当前的环境。

总之，内部控制制度虽然可以帮助组织识别和管理风险，但其固有局限性需要认识和应对，以提高内部控制的有效性和可持续性。